Jak koronavirus mutuje

covid ohnostroj
15.2.2021 20:26
Budou za pár měsíců fungovat stejné vakcíny jako dnes?

Vláda schválila návrh pandemického zákona a posílá jej do sněmovny. Plní tak jeden ze závazků, který si vyjednali hejtmani, než požádali o krátké prodloužení nouzového stavu. Boj s koronavirem bude však ještě dlouhý a definitivně rozhodne až očkování, aspoň těch nejzranitelnějších dvaceti procent. Ale bude to skutečně definitivní vítězství? Budou za pár měsíců fungovat stejné vakcíny jako dnes? Ten prevít zdatně mutuje. Nyní se objevilo pár zajímavých zpráv, které přibližují proces mutací koronaviru. 

Nové světlo do toho vnáší výzkum lékařské fakulty Pittsburské univerzity. Koronavirus SARS-CoV-2 občas ztratí část genetické informace, která řídí tvar proteinu na hrotech korony. Jde o hroty, jimiž virus proniká do hostitelské buňky (spikes). Uvedený výzkum potvrdil, že změněný tvar hrotu může usnadnit únik před naším imunitním systémem. Tvar molekul na hrotu je totiž jedním ze signálů, podle kterého imunitní systém vetřelce poznává. Koronavirus s pozměněným tvarem korony proto může proniknout do těla nepoznán. To jej zvýhodňuje. Jsme svědky evoluce, která může koronavirus SARS-CoV-2 učinit ještě útočnějším a nebezpečnějším.

Chyby v genetickém kódu viru jsou časté a většinou jsou vzápětí opraveny molekulárním korekčním mechanismem. Ten však nemůže zasáhnout tam, kde část informace zmizela. „Nemůžete opravit něco, co tu není,“ vysvětluje v Science Daily jeden z autorů výzkumu Paul Duprex, ředitel Centra pro výzkum vakcín.

https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210203144533.htm

Nad studií z výzkumu Pittsburské univerzity se diskutuje už od listopadu, kdy byla poskytnuta vědeckým partnerům ještě před otištěním ve vědeckém žurnálu Science. Řada laboratoří tak mohla tento výzkum podpořit svými daty. Příležitostí je dost. Po prvních zjištěných mutacích, britské a jihoafrické, se vynořují další.

Skupina Paula Duprexe studovala vzorky nabírané v půli loňského roku u pacienta s narušenou imunitou. Přesto bojoval s koronavirem dlouhých 74 dní. Během té bitvy s imunitním systémem byla zaznamenána řada proměn genomu viru. Ke spolupráci pak byl přizván univerzitní kolega Kevin McCarthy se zkušenostmi z výzkumu chřipkového viru, protože ten je považován za přeborníka v kličkování před imunitním systémem. McCarthy se pustil do studia databáze genových sekvencí koronaviru, které byly posbírány po celém světě.

V létě 2020, kdy výzkum začínal, se věřilo, že koronavirus je poměrně stabilní, ale čím hlouběji McCarty pronikal do databáze, tím bylo zřetelnější určité pravidlo proměny. Výpadky genetické informace se odehrávaly na stejných místech sekvence RNA, a sice tam, kde virus může tolerovat změny tvaru svých hrotů, aniž by ztratil schopnost pronikat do hostitelské buňky.

Mezi genetické sekvence, které byly ovlivněny touto mutací, patří podle McCartyho i ta „britská“ varianta, označovaná B.1.1.7. Avšak v době, kdy byla tato sekvence zaznamenána, ještě nebyla rozšířena a známa, šlo o pouhý záznam v databázi. Nikdo také netušil, že znamená zvýšené nebezpečí.

Vzorky odebrané od zmíněného pacienta v pittsburské nemocnici ukázaly, že i když třeba imunitní systém na celkovou virovou zátěž nestačí, stihne podniknout řadu úspěšných bojů. Naše obrana je početná a členitá, a když se jí ještě pomůže, ani změny v tvaru klíčového signálního prvku nezajišťují stoprocentní přežití pozměněného koronaviru.

„Jak moc tyto proměny tvaru koronaviru narušují ochranu našeho organismu, to musíme teprve zjistit,“ informuje McCarthy. Pomůže to pochopit, na jak dlouho nás mohou ochránit existující vakcíny. Šest měsíců? Rok? Pět let? Když známe pravidlo, můžeme se dopracovat i k předpovědi.

Jenže to nebude nic snadného. Koronavirus SARS-CoV-2 si můžeme prohlédnout na stránkách New York Times, kde vedou interaktivní rubriku sledující mutace (New Variants Tracker).

https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-mutations-B117-variant.html

Pohled na schéma „britské“ linie B.1.1.7 ukazuje, že z celkového objemu 30 tisíc písmen (bází) RNA tvoří ta genetická informace, podle které se tvoří hroty korony, jen asi desetinu.  I tak je potřeba pro vytvoření těchto hrotů obrovitý počet 1273 aminokyselin. V současné době už bylo zaznamenáno 17 mutací britské varianty se změnami v různých částech genetické informace koronaviru. Z toho osm různých mutací mění tvar hrotů. Některé vznikly vynecháním jedné nebo dvou aminokyselin, jiné záměnou písmene na jednom nebo více místech.

Uvedená linie B.1.1.7 (varianta nazvaná 501Y.V1) byla objevena v prosinci v Británii. Je asi o 50 procent nakažlivější a způsobuje o 35 procent víc úmrtí než základní linie B.1. V současné době už byla zjištěna ve více než 70 zemích. Linie B.1.351 (varianta nazvaná 501Y.V2) byla zaznamenána rovněž v prosinci, tentokrát v Jižní Africe. Má tu nepříjemnou vlastnost, že snižuje účinnost některých vakcín. Linie P.1 (varianta nazvaná 501Y.V3) pochází z Brazílie a je hodně podobná té jihoafrické.

Některé mutace usnadňují přichycení koronaviru k buňce (mutace N501Y). Obsahují je různé linie včetně britské, jihoafrické a brazilské. Další mutace (označovaná E484K) patří k těm, které pomáhají uniknout imunitní reakci. Tu také najdeme v řadě linií. New York Times pochopitelně upozorňují také na domácí mutace, pocházející z Kalifornie, ale zatím se neprokázalo, že by zvyšovaly nakažlivost.

Ponořit se do toho není nic pro amatéry, takže těm nejsou dostupné ani ty předpovědi. Možná jsme měli ten koronavirus dostat i s návodem k použití: Jen pod dohledem lékaře! Skutečně, země stůně, a s tím si neporadí ústavní právníci nebo rozjaření politici.

 

 

 

zbynek-fiala
Žurnalista, v minulosti dlouholetý šéfredaktor časopisu Ekonom.

Komentáře

Pro možnost psaní komentářů se přihlašte nebo zaregistrujte.

Komentáře

luis

Pro pana Moskalíka:

Neznám odpověď na Vaši otázku "...kam vlastně se vypařila každoročně se v měsících lednu a únoru vrcholiící epidemie chřipky běžné...".

Ale vyšší stupeń individuální ochrany, roušky, izolační vzdálenosti, omezení kontaktů, lepší hygienické návyky, zejména u dětí (v minulých letech se vždycky - aspoň u nás v širokém okolí - roznesla chřipka ze školky a školy velice snadno) a další podobné vlivy měly vliv nejen na koronavir, ale hodně ovlivnily další přenosné nemoci, nejen chřipku.

Zároveň určitá část chřipky "unikla pozornosti". Vždyť kdo by šel s chřipkou k lékaři (a pak se to ani neobjeví ve statistice), když by tam tak maximálně chytnul covidózu. A také spousta lidí na home office nemusí jít k lékaři, aby jim napsal nemocenskou na vyležení jako kdyby to museli udělat, kdyby byli na pracovišti. A hlavně - spousta lidí se konečně důkladně dospalo a navíc dobře pojedlo z domácího vaření.  Jak se říkávalo (při plnění bobříka hladu z knihy Tři orlí pera) Jeden spánek je za dva obědy. A také se traduje, že Zdravá strava - základ zdraví a tuhý kořínek.

Nějaký vliv mělo také to, že (jak se psalo už v říjnu loňského roku "Výrobci dodali do ČR meziročně o 20 % víc chřipkových vakcín" a pokud se naočkovali zejména ti, kteří se necítili silní v kramflecích, tak to mohlo také trochu pomoci.

Konečně máme zde téměř 19000 mrtvých s covidem, z valné části zbytečně. To jsou ti, kteří by i chřipkovou statistiku ovlivnili nejvíce ale na které chřipka už nemůže.

A přidám pro pobavení jednu ze svých hypotéz. Nemůžu ji tady napsat naplno, (to by bylo smíchu více, než by mi bylo milé - do doby než se ukáže, že na každém šprochu pravdy trochu). Ale v groteskní zkratce to snad vystihnou řečnické otázky:

  • Pokud virus pozná, že vnitřní prostředí buňky je vhodné proto, aby využil jeho zdroje a úspěšně se namnožil, bude tento virus plýtvat svoji energii na napadení buňky kterou už obsadil a využívá koronavirus?
  • A nebudou ty ostatní zdravé buňky, odolávají-li koronaviru, pravděpodobně mimořádně silné na to, aby si chřipkového virusu ani nevšimly.
  • Bude se snad jakýkoliv živý organismus, hnán pudem sebezáchovy, chtít rozmnožovat ve vyčerpaném prostředí nebo plýtvat energii proti silným buňkám? To je proti přírodním zákonům. A navíc, buňky vyvedené z míry tím, že tělem kolují podivné látky a protilátky, nedávají "starým" virům předpokládanou odezvu. 

A už mimo hypotézy: Obvykle granát do jedné díry dvakrát nepadne. Ale  co když ano? Co když si chřipkový virus jenom popletl kalendář a teprve teď to plánuje?

Nebo si vzal příklad z apatické hektičnosti (nebo z hektické apatie?) vlády a stejně tak jako ona, letos vynechal inovace, vykašlal se na vymýšlení nových mutací a proti těm starým je většina populace aspoň nějak imunní?

 

klokan

   Bylo by přinejmenším záhodno, aby nám též vysvětlili dotyční příslušní zdravotničtí odborníci, kam vlastně se vypařila každoročně se v měsících lednu a únoru vrcholiící epidemie chřipky běžné. V předchozích letech toliko v Čr na ní pravidelně stonali statisíce pacientů a nyní vlastně ani jeden. Mutanty coronavirové mají v laboratořích zmapovány snad i do budoucna takže se jeden mlže domýšlet, zda se nejedná o ty jeskyně nyní zmiňované MUDr. Pekovou, ale chřipka běžná jakoby sesama jaksi vymizíkovala, což se jeví jako velmi zajímavé. Tedy chřipku běžnou nikdo neleéčí a nikdo neonemcní a coronaviru stále přes drastická opatření přibývá. Jak dlouho z nás budou nejen takoví experti dělat hlupáky a bezostyšně nás vodit  za nosy ?

luis

"Jak koronavirus mutuje ?" 

   No hodně liší se v tom od pubescentů, protože u nich jde o krátkodobou záležitost a po čase se hlas usadí nadlouho v lepší poloze, než jej kouření, exaltovaný mluvnický projev nebo jiná abnormalita neposune jinam. Virus, hnán zákony přírody téhož společného prazákladu jako pubertální chlapec, to má jinak. 

   Skutečně, mutace jsou v této chvíli rozhodujícím faktorem toho, jak rozsáhlé následky poneseme. Tím se už nechci vracet ke svému nudnému opakování nutnosti ochrany nejohroženějších (zbytečná úmrtí), ale mám na mysli hospodářské a společenské dopady

   I přes hbitost koronaviru, s jakou může mutovat a také navzdory tomu, že některé mutace mohou být třeba stokrát horší než britská, jsem "optimista v podmínce".

   Ovšem dosavadní strategie vlastně počítaly mlčky s tím, že lze nalézt úspěšné řešení  založené na "čekání na vakcínu". Tudíž byly takto i prezentovány. To by znamenalo, že s novou mutací (ne s každou, většina mutací se neprosadí, ale stačí jen promile "úspěšných" k odsunutí takové strategie na smetiště nadějných myšlenek) je třeba při stejné strategii tuto strategii opakovat. Už jinde jsme diskutovali, že ze "stavebnice" lze nové vakcíny (třebas i širokospektrální) vytvářet rychleji. Otázka však přestává znít, jestli jsme schopni vyvinout dostatečně rychle novou vakcínu, ale kolikrát ten cyklus vydržíme a ufinancujeme. Ne všechny zdroje jsou neomezené. Minimálně v tom smyslu, že je bereme jiným aktivitám. To jsou ty dopady.

Společný rys stávajících strategií (nikoliv hlavní, ale budiž...) bych shrnul jako záměr izolovat

  • společnost nebo velké skupiny a brzdit vývoj co nejvíce dokud....nepřijde spása(vakcína třebas).  To ovšem dokonale dlouhodobě ani střednědobě provést nejde
  • jednotlivce - ale až ty, kteří jsou už nakaženi a buď jim je nebo není pomoci, nebo pomoc nepotřebují a (můžeme to tak nazvat) "dopředným trasováním" jsou určeni další k izolaci (aby neroznesli nákazu jinam, což fungovalo loni v březnu, v říjnu už to byl nesmysl). To ovšem dokonale dlouhodobě ani střednědobě provést nejde.

      Obě tyto snahy o izolaci se hroutí v základech, nebo se to zdá jen mně?. Jako výsledek předvídám, že neojohroženější lidé to tvrdě zaplatí (necelých 19 tisíc není konečný účet - to je jen dotaz podnapilého hosta na číšníka, jak na tom asi je, než ztratí kontrolu, protože tuší, že alkohol v krvi už začíná působit a konečný účet jej děsí) během té doby o které slovutní odborníci a politici, které jsme si zasloužili, unisono tvrdí, že nám umožní získat nadvládu nad koronavirem. Přítomnost vakcín poněkud tyto ztráty sníží u nejohroženějších jedinců a přirozené promoření poněkud zlepší vyhlídky u těch ostatních.

   Nemohu si pomoci, stále mi připadá nejlogičtější strategie na principu reverzního trasování (příspěvek "Covidová nestrategie" i jinde):

  • izolovat co nejmenší - tudíž zvládnutelný - počet jedinců  (podle priorit ohroženosti-kombinace polymorbidit s covidem jde vždy o konečné a dobře predikovatelné číslo)
  • poskytnout jim nejvyšší možný stupeň

                   - ochrany, prevence a přípravy na covidózu a
                   - asistovaný individuální průchod onemocněním (až k němu dojde za co nejlepších podmínek pro pacienta a                           co nejhorších podmínek pro virovou nálož) => důsledkem je mj. provedení nejohroženějších epidemií s                               minimem  ztrát pro společnost 

  • reverzním trasováním vymezit co nejmenší počet kontaktních osob s těmito dosud nenakaženými jedinci (a těm poskytnout speciální podporu

Tento způsob izolace nezabrání ztrátám, které by stejně nastaly, ale zabrání, aby dominovaly  zbytečná úmrtí a zbytečně těžké průběhy.

Vakcinace, která bude k dispozici, může tyto ztráty ještě více či méně razantně snížit. Vynechme z úvah pro tuto chvíli zbytek populace.

Každý máme svůj osobitý přístup k řešení problémů. 

Pokud bych s omezenými prostředky zodpovídal za různorodou skupinu lidí na lodi, kde hrozí pád do rozbouřené vodní hladiny,dbal bych na to, aby každý neplavec dostal plovací vestu, (těm se slabou vyzičkou nebo jiným handicapem bych přidal plovací kolo) a věnoval bych největší péči jeho poučení a dovolí-li to podmínky tréninku, jak se zachovat v případě nutnosti. Pak teprve bych k této záchranné strategii hledal navazující strategii také pro ty, kteří mají doma sbírku ocenění za plavecké rekordy a všude se s ní chlubí, takže by plovací vesta tyto "antivest(r)ouškaře" urazila.

Nevnucuji svůj názor nikomu, kdo má jiné nápady. Samozřejmě, že lze všechny zavřít do podpalubí nebo přidělit  jednu vestu pěti lidem, kteří by se k ní přivázali, nebo vydat vesty jen skupince s háky, která bude lovit ty, co spadnou z paluby.

Taky se dá nikdy nevyplout.